01孝庄去世后，康熙把孝庄的棺椁停放于慈宁宫，每年还和大臣来慈宁宫祭奠。慢慢成为孝庄的纪念堂。之后有人编造鬼故事，说慈宁宫不干净，致无人敢入住。
明武宗驾崩，由于武宗死后无嗣，由武宗的堂弟朱厚继承皇位，也就是嘉靖帝。嘉靖 继续之后，武宗的生母还在世，因此就出现了两位太后。而恰巧两位太后性格很不合，很难并存，没有办法住在一起。嘉靖帝没有办法为母亲蒋太后修建了最初的不叫 慈宁宫的仁寿宫。
清军入关，沿用了明朝习俗，修缮了慈宁宫，孝庄太后成为清朝入驻慈宁宫的第一人，从此之后慈宁宫就成为太后太妃的专用住所，也就是现在养老院的意思。
现代影视剧和小说里，皇太后一般住在紫禁城中的慈宁宫，事实上自孝庄太后死后，慈宁宫便无人入主，清代最主要的太后寝宫是位于它西侧的寿康宫。
为什么孝庄太后死后，慈宁宫就无人入住了？坊间盛传是慈宁宫闹鬼，说晚上看见宫女走动；还有说慈宁宫有一口井白天看是杂草，晚上看可以看到不干净的东西。这些传说在宫中越来越玄，以致后来的太后、太妃们都不愿意住在慈宁宫。
事实上是不是这样呢？
康熙二十六年十二月二十五日（ 1688 年 1 月 27 日）孝庄太后崩 逝，悲痛欲绝的康熙帝，坚持在慈宁宫前院所设帷帐内守孝，还想将孝庄文太后的梓宫久留在慈宁宫内，把慈宁宫作为孝庄文太后的 “ 奉殿 ”，这个想法被大臣们劝阻说无先例才作罢。但是孝庄死后，康熙每年都会和大臣一起来慈宁宫祭奠孝庄，时间长了，慈宁宫成了孝庄个人的纪念堂了，所以慈宁宫此后是鲜有人敢住了。
